پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 25 |
| تعداد شماره‌ها | 932 |
| تعداد مقالات | 7,652 |
| تعداد مشاهده مقاله | 12,494,304 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 8,885,688 |
آرایه شناسی مولکولی و تبارشناسی (Teleostei: Leuciscidae) Rutilus s. str. در حوضه جنوبی دریای خزر | ||
| زیست شناسی کاربردی | ||
| مقاله 3، دوره 35، شماره 2 - شماره پیاپی 72، شهریور 1401، صفحه 37-48 اصل مقاله (768.08 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22051/jab.2022.38401.1452 | ||
| نویسندگان | ||
| آرش جولاده رودبار* 1؛ علی نزل آبادی2؛ مجید نوائیان3 | ||
| 1دانش‌آموخته دکتری، گروه شیلات، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 2دانش‌آموخته کارشناسی ارشد، گروه شیلات، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 3استادیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه آزاد اسلامی واحد یادگار امام (ره)، تهران، ایران | ||
| چکیده | ||
| جنس Rutilus یکی از جنس‌های مهم خانواده کپورماهیان سرمخروطی Leuciscidae است که اعضای آن از شرق سیبری تا غرب اروپا پراکنده شده‌اند. همواره شناسایی گونه‌ها و جمعیت‌های این جنس به دلیل شباهت‌های بالای ریختی و وجود جمعیت‌های حد واسط برای محققان مشکل‌ساز بوده است. اگر چه در مطالعات مختلف ویژگی‌های ریختی اعضای این جنس بررسی شده است اما آرایه‌شناسی مولکولی و تبارشناسی اعضای آن در جنوب دریای خزر مورد بررسی قرار نگرفته است. بنابراین به منظور بررسی وضعیت اعضای Rutilus در جنوب دریای خزر مطالعه‌ای با استفاده از توالی ژن سیتوکروم اکسیداز سی انجام شد. نمونه‌های اعضای این جنس از تور پره مناطق ساحلی شهرهای بندرترکمن، بندرگز، بابلسر، نور، رامسر، بندر انزلی و آستارا خریداری شد. پس از تکثیر ژن COI، قطعه مذکور توالی‌یابی شد. با استفاده از توالی‌های حاصله و دیگر توالی‌های موجود در بانک ژن NCBI درخت-های تبارشناسی به روش inference Bayesian، تخمین Maximum likelihood و شبکه هاپلوتایپی ترسیم شد. با توجه به نتایج بدست آمده نمونه‌های تعیین توالی شده از حوضه جنوبی دریای خزر در خوشه R. frisii قرار گرفتند. همچنین حضور گونه‌های R. rutilus و R. kutum در مناطق مورد بررسی تأیید نشد. با توجه به عدم تفاوت معنی‌دار در ژن COI و تنوع فنوتیپی بسیار بالا به نظر می‌رسد این اختلاف ناشی از پلاستیسیتی اکولوژیک، تحمل درجات مختلفی از شوری، دارا بودن جمعیت‌های ساکن و مهاجر در بین اعضای این جنس باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| ایران؛ کپورماهیان؛ فاصله ژنتیکی؛ فنوتیپ؛ COI | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Molecular systematics and phylogeny of Rutilus s. str. (Teleostei: Leuciscidae) at the southern part of Caspian Sea | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Arash Jouladeh Roudbar1؛ Ali Nazlabadi2؛ Majid Navaiyan3 | ||
| 1PhD student, Department of Fisheries, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran | ||
| 2Master's student, Department of Fisheries, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran | ||
| 3Assistant Professor, Department of Biology, Faculty of Science, Islamic Azad University, Yadgar Imam (RA), Tehran, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Rutilus is one of the most important genera of the Leuciscidae family, whose members are distributed from Eastern Siberia to Western Europe. It has always been difficult for researchers to identify the species and populations of this genus due to the similarity of morphologic characters and the existence of intermediate populations. Although several studies conducted base on morphology characters of members of this genus, the molecular systematic and phylogeny of Rutilus in the southern Caspian Sea have not been studied. Therefore, in order to investigate the status of Rutilus members in the southern Caspian Sea, a study was performed using the COI gene sequence. Samples of members of this genus were purchased from the of beach of Bandar-e-Turkmen, Bandar-e-Gaz, Babolsar, Nour, Ramsar, Bandar-e-Anzali and Astara. After amplifying the COI gene, the fragment was sequenced. Using the sequences results and other sequences in the NCBI gene bank, phylogeny trees were plotted by the Bayesian inference method, Maximum likelihood estimation, and haplotype network. According to the results, the sequenced specimens from the southern basin of the Caspian Sea were placed in the R. frisii clade. Also, the presence of R. rutilus and R. kutum species in the studied areas was not confirmed. Due to the insignificant difference in COI gene and phenotypic diversity, it seems the differences due to ecological plasticity, tolerance to salted waters coupled degrees of salinity, having resident and migratory populations among members of this genus. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Carps, genetic distance, phenotype, COI, Iran | ||
|
سایر فایل های مرتبط با مقاله
|
||
| مراجع | ||
|
Abdolhay, H.A. Khalijah, D.S. Pourkazemi, M. Shapor, S.S. Rezvani, S. Satar, M.K. and Hosseinzadeh Sahafi, H. (2010) Morphometrics studies of Mahisefid (Rutilus frisii kutum, Kamensky, 1901) from selected rivers in the southern Caspian Sea. Iranian Journal of Fisheries Sciences. 9: 1-18 Berg, L.S. (1949) Freshwater fishes of the USSR and adjacent countries, 4th edition. Part 1. Akademia Nauk USSR, Moscow and Leningrad. 466 p. Bernatchez, L. (2001) The evolutionary history of brown trout (Salmo trutta L.) inferred from phylogeographic, nested clade, and mismatch analyses of mitochondrial DNA variation. Evolution. 55: 351–379. Bogutskaya, N.G. and Naseka, A.M. (2004) Catalogue of Agnathans and Fishes of Fresh and Brackish Waters of Russia with Comments on Nomenclature and Taxonomy. The Russian Academy of Sciences, Moscow. Brighton, C.T. and Hunt, R.M. (1991) Early histological and ultrastructural changes in medullary fracture callus. Journal of Bone and Joint Surgery. 73: 832-847. Coad, B.W. (2018) Freshwater Fishes of Iran Updated 2 May 2018. [Cited 2 May 2018]. Available from: www.briancoad.com. Culling, M.A. Janko, K. Boron, A. Vasil’ev, V.P. and Hewitt, G.M. (2006) European colonization by the spined loach (Cobitis taenia) from Ponto‐Caspian refugia based on mitochondrial DNA variation. Molecular ecology. 15: 173-190. Darriba, D. Taboada, G.L. Doallo, R. and Posada, D. J. (2012) 2: More models, new heuristics and high-performance computing. Nature Methods. 9: 772. Eschmeyer, W.N. Fricke, and R. van der Laan, R. (2018) Catalog of Fishes: Genera, Species, References. http://researcharchive.calacademy.org/research/ichthyology/catalog/fishcatmain.asp). Catalog of Fishes electronic version. doi:10.11646/zootaxa.3882.1.1 Hall, T. A. (1999) “BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT”. Nucleic Acids Symposium Series. 41: 95-98. Hänfling, B. Dümpelmann, C. Bogutskaya, N.G Brandl, R. and Brändle, M. (2009) Shallow phylogeographic structuring of Vimba vimba across Europe suggests two distinct refugia during the last glaciation. Journal of Fish Biology. 75: 2269-2286. Huelsenbeck, J.P. and Ronquist, F. (2001) MRBAYES: Bayesian inference of phylogeny. Bioinformatics. 17: 754-755. Jouladeh-Roudbar, A. Vatandoust, S. Eagderi, S. Jafari-Kenari, and S., Mousavi-Sabet, H. (2015). Freshwater fishes of Iran; an updated checklist. Aquaculture, Aquarium, Conservation & Legislation. 8: 855-909 Jouladeh-Roudbar, A. Ghanavi, H.R. and Doadrio, I. (2020) Ichthyofauna from Iranian freshwater: annotated checklist, diagnosis, taxonomy, distribution and conservation assessment, Zoological Studies. 59: 0d Kashefi, P. Bani, A. and Ebrahimi, E. (2012) Morphometric and meristic variations between non-reproductive and reproductive kutum females (Rutilus frisii kutum, Kamensky, 1901), in the southwest Caspian Sea. Italian journal of zoology. 79: 337-343. Ketmaier, V. Bianco, P.G. and Durand, J.D. (2008) Molecular systematics, phylogeny and biogeography of roaches (Rutilus, Teleostei, Cyprinidae). Molecular Phylogenetics and Evolution. 49: 362–367. Kohestan-Eskandari, S. Anvarifar, H. Mousavi-Sabet, H. Yousefi, M. and Khanzade, M. (2014) A morphology-based hypothesis for homeward migration success and population differentiation in the anadromous kutum Rutilus kutum (Pisces: Cyprinidae) along the southern Caspian Sea, Iran. Folia Zoologica. 63: 151-160. KotlIK, P. Markov, A. S. Choleva, L. Bogutskaya, N.G. Ekmekci, F.G. and Ivanova, P.P. (2008) Divergence with gene flow between Ponto‐Caspian refugia in an anadromous cyprinid Rutilus frisii revealed by multiple gene phylogeography. Molecular ecology. 17: 1076-1088. Kottelat, M. and Freyhof, J. (2007) Handbook of European freshwater fishes. Publications Kottelat 646 p. Kozhara, A.V. (1997). Regular phenotypic changes accompanying osmotic adaptations in some cyprinids: micro vs macroevolution. Zhurnal obshchei biologii. 58: 17–26. Kozhara, A. V. and. Mironovsky, A. N. (1995). Selection for tolerance to the increased mineralization—a possible factor of intraspecific divergence in the bream (Abramis brama (L), Cypriniformes, Cyprinidae) from the Caspian Sea drainage. Zhurnal Obshchei Biologii. 56: 239–247. Kumar, S. Stecher, G. and Tamura, K. (2016) MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular biology and evolution. 33: 1870-1874. Levin, B.A. Simonov, E.P. Ermakov, O.A. Levina, M.A. Interesova, E.A. Kovalchuk, O.M. Malinina, Y.A. Mamilov, N.S. Mustafayev, N.J. Pilin, D.V. Pozdeev, I.V. and Pozdeev, I.V. (2017) Phylogeny and phylogeography of the roaches, genus Rutilus (Cyprinidae), at the Eastern part of its range as inferred from mtDNA analysis. Hydrobiologia. 788: 33-46. Mina, M.V. Reshetnikov, Y.S. and Dgebuadze, Y.Y. (2006) Taxonomic novelties and problems for users. Journal of Ichthyology. 46: 476-480. Rambaut, A. (2009) FigTree v1.5. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree. Reshetnikov, Y.S. Popova, O.A. and Sokolov, L.I. (2003) Atlas of Russian Freshwater Fishes, Vol. 1. Nauka, Moscow. Silvestro, D. Michalak, I. )2012(. raxmlGUI: a graphical front-end for RAxML. Organisms Diversity and Evolution. 12: 335-337. Timoshkina, N.N. Barmintseva, A.E. Usatov, A.V. and Mugue, N.S. (2009) Intraspecific genetic polymorphism of Russian sturgeon Acipenser gueldenstaedtii. Russian Journal of Genetics. 45: 1098-1106. Ward, R.D. Zemiak, T.S. Innes, B.H. Last, P.R. and Hebert, P.D. (2005) DNA barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society B. 360:1847–1857. doi:10.1098/rstb.2005.1716.
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 167 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 223 |
||
